Japánban 1931-ben és a Meiji-korszak 64. évében felváltva a Tokugawa sógunátát soha nem szüntették meg, és Meiji császárt soha nem állították vissza hatalomra. Az anime a kormányt végrehajtó sógunát hóhérok szervezetének, a "Nue" tevékenységét fogja követni. Az ország kifejlesztette saját energiaforrását, a "sárkány erét", és egyedülálló fejlődést ért el, amelyben a tudomány és az Edo korszak keveredik.

A történet a XXI. század elején játszódik. A világ vezető országai egyre nagyobb lépéseket tesznek a nemzetközi integráció terén. Céljaik között szerepel a hadseregek egyesítése, amely nagy lépés volna a világbéke felé. A magánkézben lévő fegyveres erők viszont komoly fenyegetést jelentenek tervükre nézve... A Kuryu Intézet Dr. Nguyen Morgan vezetésével különös kutatásokat folytat. Az emberi agyat vizsgálva felfedezik, hogy annak van egy "árnyékos tartománya", amely eddig ismeretlen képességeket rejt. Egy Mandalának nevezett találmány segítségével fel akarják szabadítani ezeket. Azonban egy nap ismeretlen okokból valami felrobban a kutatóintézetben, és Dr. Morgan az életét veszti. Egy munkatársa, Kenneth Reed azonban folytatja az őrült kísérletezést...

A főszereplő Saji Keisuke, aki egy 16 éves tanuló. A történet úgy kezdődik, hogy Saji elveszi az apja mobilját, ahova érkezik egy hívás. A hívófél egy lány, aki magát Alizként mutatja be és találkára hívja Saji apját!!! Saji kiváncsiságtól fűtve elmegy a találkára, ahol több idősebb férfi keresi Alizt. Csakhogy Aliz valójából egy Koizumi Akira nevű lány, Saji évfolyamtársa.

Egy fiatal lány, Kaori Okinawában lediplomázását ünnepli a vőlegénye, Tadashi nagybátyjának nyaralójában két barátnőjével, a buja Erikával és a kissé túlsúlyos Akival, aki legtöbbször Erika piszkálódásának van kitéve. Egyik este erős, rothadó bűzre lesznek figyelmesek, ami a nyári házban fogadja őket, mellette még egy meglehetősen furcsa szerzettel: egy póklábakon mozgó hallal. Miután sikerül elkapniuk ezt az egyet, hőseink még koránt sem nyugodhatnak meg, ugyanis másnap már özönlenek a tengerből a lábakon mozgó vízi élőlények. Kaorit és barátnőit (Erika két helybéli fiúval történő légyottja során) egy cápa támadja meg, aki Erika lábát meg is sebzi. Mindezek tetejében a TV beszámol az állapotokról és arról is, hogy az orrfacsaró bűzt árasztó sétáló halak kolóniája célba vette Tokiót is, a várost, ahol Tadashi, Kaori kedvese éppen dolgozik. A lány nem habozik, hamar összepakol, hogy a városba utazzon, hátrahagyva Akit és Erikát. A reptéren, valamint a repülőgépen összefut egy riporterrel, Shirakawával, akivel a sors a tokiói, nem túl zökkenőmentes landolás követően a történet további részében összeköti. Kaori meg akarja találni Tadashit, Shirakawa pedig a magyarázatot a "sétálók" létezésére...

A jövőben járunk, a Föld teljesen kihalt lett. Bolygónkon a hatalmat a Holdról jött Erdő vette át. A túlélők a víz hiányában pedig teljesen ki vannak szolgáltatva. Agito, a mindig kalandra kész fiú, és barátja Cain, aki sosem mond nemet egy kis mókára, egyik nap vízért mennek a közelbe, de rajtakapják őket, és menekülniük kell. Cain-t elkapják, de Agito-nak sikerül a víz alatt megmenekülnie az Erdő elől. Az áramlat messzire sodorja... Mikor kimászik a vízből, egy piros fényt lát, és közelebbről is meg akarja nézni, mire a gép életre kel. A fiú kapszulákban hibernált emberekre talál. Köztük van Tula is, akit fel is ébreszt. A lány riadva ébred álmából.