1972-ben egy Misaki nevű fiú járt a hármas osztályba. Azonban a 9. évfolyam végén meghalt. Az osztály ez után úgy döntött, hogy úgy fognak tenni, mintha még mindig élne. Még a ballagáson is kapott széket. 26 évvel később Kouichi Sakakibara érkezik az iskola hármas osztályába. A helye ugyan az, mint az elhunyt fiúnak. Egy nap kórházba kerül, és az osztálytársai elkezdenek furcsán viselkedni.

Kellemes nyári délután. Idilli hangulat egy japán középiskola udvarán. A fiúk a lányokról álmodoznak, szóval minden szép és békés. Mégis... ezen a békés helyen Shizuka, az iskola egyik legnépszerűbb fiúja nem tud lelki nyugalomra lelni. Nem, mert maga sem érti, hogy miért, mi módon szerethetett bele a barátjába, Sakura-ba, aki erről mit sem tud. A nyári szünidő közeledik, és egy hirtelen elcsattant csók mindent megváltoztat. 

A Sword Art Online egy új virtuális valóságot generáló MMO RPG. Sajnos, a kezdeti öröm nem tart sokáig, mert mind a 10.000 játékos, aki belépett, többé már nem tud kilépni. Az egyetlen lehetséges mód, ha legyőzik a 100. szinten lévő boss-t. Ha valahogy mégis megpróbálnak lecsatlakozni, akkor a NerveGear kisüti az agyát, és meghal. Ha a játékban elveszti az életpontjait, meghal. A 10.000 játékosból több ezren életüket vesztik.

Az emberek egy része félig állat. Vannak közöttük különlegesek is, mint a madararuik. Azon belül pedig van egy különleges láncszem. Noririn miután megtudta, hogy ő egy különleges, elmegy Kunimasa testvéréhez, Yonekunihoz, hogy megtanulja kontrollálni magában a madararui vért, mivel Noririn minden madararui számára áhított társ lehet, ezért meg kell akadályozni, hogy bárki is erőszakkal magáévá tegye.