A mai Japánban járunk, de a Tokugawa sógunátust nem döntötték meg, így még most is ők uralkodnak. A főszereplőnk Yagyuu Muneakira, aki Kiotóból jön gyerekkori barátja hívására Oedo-ba. Érkezése után természetesen egyből megtalálja a bajt, így gyorsan megismerkedik a későbbi szereplőkkel, azaz Sanada Yukimurá-val, Gotou Matabei-jel és Hattori Hanzo-val. Később pedig egy titokzatos lány száll alá az égből, aki Yagyuu Jubei-ként mutatkozik be és hatalmas erővel rendelkezik.

Az anime a távoli jövőben játszódik le egy párhuzamos dimenzióban, amelyet Kozmikus Bárkának hívnak. A régóta szunnyadó, óriási robotok versenye Arks néven fut, amelyek hirtelen arra ébredtek, hogy galaxisukat a gonosz káosz uralja.

A rendetlen és végtelenül naiv Gae-In-t igazán nem sok választja el egy szívrohamtól, lévén, hogy a pasija, Chang Ryul nem csak hogy lelépett a pénzével, de a lakótársát is viszi magával, akit másnap vesz el az oltár előtt. A tisztaságmániás Jin-Ho tervező számára sem könnyű az élet: hagyján, hogy szépen felépített karrierjét a csőd széle fenyegeti, de ellenségeknek sincs híján, akik között ott van Chang Ryul is. Hogy megússza a bezárást, egy nagy ötlettel kéne előrukkolnia - mondjuk egy 30 éve titkolt ház tervével, amiben történetesen Gae-In lakik. Viszont a lány érthető okokból eléggé bizalmatlan a férfiakkal, így a srác kénytelen fenntartani a félreértést, hogy meleg.

A Fujimi Gimnázium tanulói még biztos nem találkoztak zombikkal, mert nagy riadalmat keltett a diákok és tanárok közt a felbukkanásuk. De mi már tudjuk azt, amit még a tanulók nem, hogy ez egy önszerveződő társulás, ahol a tagokat erőszakos toborzás útján szerzik. Itt egy kis hami, ott egy kis nyami, s már is beállt a nyálcsorgatók közé az áldozat, ahol a gyorsétterem, egy emberekkel jól teletömött helyiséget jelent, és nem a hamburger árust, ahol extra burgert kapsz dupla sajttal, hozzá pedig sült krumplit.

Élet a halál után. Meglehetősen sok mű foglalkozik vele, de a Colorful ezek között is egy elfeledett gyöngyszem. Meghaltál. Már nincs visszaút, a bűneid halálod után is kísértenek. Vagy mégse? Te vagy a szerencsés kiválasztott, te visszamész az életbe és elölről kezdhetsz mindent. Nem, ez nem lehetőség, ez parancs.