Hiyori nagyon félénk, bátortalan lány, valamint van egy olyan tulajdonsága, amely szerinte jelentősen befolyásolja a kapcsolatait: a maga 140 centijével átlagon alulinak érzi magát, céltáblának a magasabbak számára. Egy autóbaleset után egy kerek évet töltött kórházban gyógyulással, s most vissza szeretne térni az iskola padba. Ám nem könnyű megszokni az új környezetet...

A jövőben odalett a boldogság, elveszett, s ezáltal a jövő is elveszendőben van. Leszármazottaink szerint csak egy Takeru nevű fiú tudja megmenteni a Földet ettől a borzalomtól. A vezetők egy fiatal lányt küldenek a múltba, hogy ne csak a fiút keresse meg, de gyűjtse össze mindazt, ami a szívébe boldogságot és örömet hoz.

Hasekura Kohei folyton csak költözött, változtatta a lakhelyét, iskoláit. Sokat látott, sokat tapasztalt, mégse voltak igazi értelembe vett barátai. Úgy dönt ezért, hogy vándormadár életének véget vet: megtelepedik az egyik szigeten, ahol még gyerekként élt egy ideig: Tamatsun, Japántól kissé távol eső szigeten. Tanulmányait egy 6 éves, viktoriánus stílusú angol iskolában, a Shuchikan Akadémián folytatja. Szeretne nyugalmas életet élni, ám azok a régi és új arcok, akikkel megismerkedik vagy újratalálkozik garantálják, hogy mindig legyen valami programja. Ebben nagy szerepe van legalábbis gyerekkori barátainak Kanade és Haruna Yukinak, a diáktanács vezetőinek, Sendo Erikának és Iorinak...

A mai Japánban járunk, de a Tokugawa sógunátust nem döntötték meg, így még most is ők uralkodnak. A főszereplőnk Yagyuu Muneakira, aki Kiotóból jön gyerekkori barátja hívására Oedo-ba. Érkezése után természetesen egyből megtalálja a bajt, így gyorsan megismerkedik a későbbi szereplőkkel, azaz Sanada Yukimurá-val, Gotou Matabei-jel és Hattori Hanzo-val. Később pedig egy titokzatos lány száll alá az égből, aki Yagyuu Jubei-ként mutatkozik be és hatalmas erővel rendelkezik.

Az anime a távoli jövőben játszódik le egy párhuzamos dimenzióban, amelyet Kozmikus Bárkának hívnak. A régóta szunnyadó, óriási robotok versenye Arks néven fut, amelyek hirtelen arra ébredtek, hogy galaxisukat a gonosz káosz uralja.