Két nindzsa klán, az Iga Tsubagakure és a Kouga Manjidani elkeseredett, véres háborúban állnak egymással, mely már évszázadok óta tart. A harcok csak akkor fejeződnek be, mikor Hattori Hanzonak sikerül fegyverszünetet kötnie, oly módon, hogy mindkét klán Tokugawa Ieyasu szolgálatába áll. Ennek ellenére az ellenségeskedés tovább folytatódik a Kougák és az Igák között. 1614-ben, mikor Ieyasu visszavonult és hivatalát tovább adta fiának, vita tört ki az utódlásról.

Az "Ezeregyéjszaka meséi" az idők folyamán sokakat megihletett: készültek mesefilmek, mozifilmek, sorozatok, képzőművészeti alkotások, melyek a témát járták körbe, és próbálták feldolgozni. A Yoshitaka Amano által jegyzett 1001 Nights is ehhez a tartalmas témához nyúl, rendhagyó módon, rendhagyó eszközökkel. 1001 Nights teljes mértékben az úriember rajzaiból, festményeiből, skicceiből áll össze és alkot egy kaotikus, mégis szemet gyönyörködtető egységet.

Történetünk főszereplője pedig két tizenéves lány, Lucia és Sumire, akik különleges adottságaikat kihasználva próbálnak szembeszállni a világunkat elpusztítani készülő teremtményekkel, az úgynevezett vírusokkal. Ezek a vírusok valaha emberek voltak, akik mostanra lezüllött zombikká váltak, és az olyan emberek lelkeire vadásznak, akik képesek érzékelni a jelenlétüket. 

Kyota gyermekkori barátja, Yokko emberfelettinek született, ráadásul a Vizek Úrnőjének, vagyis a 4 isten egyikének. De a Vizek Úrnőjévé váláshoz szükséges "Ébredést" elhalasztotta, hogy megismerje az emberi létet egyszerű lányként, nem is sejtve az ez után következő bonyodalmakat.

Azusa az iskola focicsapatának menedzsere és az egyik játékos, Ikumi között már régóta komoly kapcsolat áll fönt. Azonban minden összeomlani látszik Azusa számára, midőn egyszer csak Ikumi elkezdi kerülni és még csak magyarázatot se hajlandó adni különös viselkedésére.