A Fujimi Gimnázium tanulói még biztos nem találkoztak zombikkal, mert nagy riadalmat keltett a diákok és tanárok közt a felbukkanásuk. De mi már tudjuk azt, amit még a tanulók nem, hogy ez egy önszerveződő társulás, ahol a tagokat erőszakos toborzás útján szerzik. Itt egy kis hami, ott egy kis nyami, s már is beállt a nyálcsorgatók közé az áldozat, ahol a gyorsétterem, egy emberekkel jól teletömött helyiséget jelent, és nem a hamburger árust, ahol extra burgert kapsz dupla sajttal, hozzá pedig sült krumplit.

Élet a halál után. Meglehetősen sok mű foglalkozik vele, de a Colorful ezek között is egy elfeledett gyöngyszem. Meghaltál. Már nincs visszaút, a bűneid halálod után is kísértenek. Vagy mégse? Te vagy a szerencsés kiválasztott, te visszamész az életbe és elölről kezdhetsz mindent. Nem, ez nem lehetőség, ez parancs.

A történet egy kontinensnyi szigeten, a Cruzon-on játszódik, egy olyan világban, ahol az emberek képesek kedvük szerint irányítani a kvarc kristályokat. Tulajdonképpen a kristálymanipuláció egy fajtája ez, és akik ennek a képességnek a birtokában vannak, azok Sorcerer-nek (varázsló) nevezik magukat. Szinte mindenki rendelkezik ezzel a képességgel, ezt használják a teafőző üzemeltetésétől kezdve egészen a nagy járművek mozgatásáig. A legerősebbek vagy legtehetségesebbek irányíthatják a hadsereg hatalmas harci gépeit, a Gólemeket.

Az edo-kori Japánban járunk. Akitsu Masanosuke tehetséges kardforgató. Bár szegény, mint a templom egere, és leginkább az éhenhalás veszélye fenyegeti, megmarad elveihez hű roninnak. Testőri munka után ácsingózik, azonban senki sem alkalmazza, ugyanis rendelkezik néhány apró kis jellemhibával: könnyen zavarba jön, határozatlan, félénk és erősen búskomor. Felfigyel rá Yaichi, a jóképű és titokzatos alvilági alak, és úgy dönt, hogy beveszi a csapatába. Ám választás elé állítja: a pénzért cserébe vagy beáll egy magát emberrablásokból ellátó csoportba, vagy továbbra is ragaszkodva magasztos elveihez felkopik az álla.