A Kétségbeesés háborúja a régi és az új fegyverek összecsapásáról szól. Atomháború következtében a világ elpusztult és mindenki egyetlen nagy kormány alatt sínylődik, szabadságuktól megfosztva. Ennek megfelelően felüti a fejét az ellenállás, és megszegve a fegyvertartási tilalmat, szervezkedni kezdenek: saját, régi, műalkotásként tartott fegyvereikkel indulnak háborúba a szabadságért. Minden egyes ilyen fegyvernek lelke van, ők a Kijuushik, akik minden fájdalom és bánat ellenére is segítik gazdáikat a háborúban.

Amakasu Hisone egy ártatlanul egyenes kezdő önvédelmis, akit rosszul érint, hogy néha képes a szavaival megbántani másokat. Azért döntött úgy, hogy csatlakozik az Égi Önvédelmi Oszatghoz, hogy távolságot tarthasson az emberektől. Ezen döntése nyomán lel rá egy rejtőzködő sárkányra az alagsorban, ami őt választja pilótájának. Amint az égbe emelkedtek, a sorsuk eldöntetett. Azt mondják, hogy a sárkányok a jövő kulcsfigurái.

Miho Nishizumi éppen most jött át egy másik iskolából. Az ő családjában nagy hagyománya van a harckocsizásnak, ennek ellenére ő - egy traumatikus élmény miatt - pont azért jelentkezett át az Oorai Akadémiára, hogy ne kelljen részt vennie ezekben a hadgyakorlatokban, mivel az Ooarai arról híres, hogy már régóta nem tartanak ilyen fakultatív órákat. De a sors mást tartogat a számára.

A világ tengereit félelmetes agresszorok fenyegetik. Ők az Abyssal flotta. A tengerek mélyéről támadó démoni lányok, akik hatalmukba kerítik a világ tengereit. Az emberiség utolsó reménye a titokzatos Admirális által vezetett Flotta Lányok, akik szembeszállnak a rettegett lényekkel. Fubuki-t, az újonc rombolót frissen helyezték át régi körzetéből, hogy új hajótársaival közösen szálljon szembe a világot fenyegető veszedelemmel.