Szülei korai halála után Ajiro Shinpei egy ideig a Kofune nővérekkel, Mióval és Ushióval élt együtt, de azóta már elköltözött Tokióba. Miután azonban Ushio vízbe fullad, miközben megpróbálja megmenteni a fiatal Kobayakawa Shiorit, hősünk hazatér, hogy meggyászolja a lány távozását. Az Ushio nyakán lévő zúzódások azonban megkérdőjelezik a lány halálának okát. Nem sokkal később Shinpeinek látomása lesz az elhunyt Ushióról, aki még utoljára arra kéri őt, hogy mentse meg Miót. Shinpei biztos benne, hogy valami sötét dolog készülődik az idilli kis szigeten - és Ushio halála csak egy darabja a kirakósnak.

Katagiri Yuuichi úgy véli, hogy a barátok minden esetben fontosabbak, mint a pénz, holott ő maga egész életében szegénységben élt. Ezért az iskola mellett keményen dolgozik, hogy összespórolja az osztálykirándulás árát, mivel megígérte a négy legjobb barátjának, hogy mindannyian együtt mennek. Az osztálypénzt azonban ellopják, a gyanú Yuuichi pedig két barátjára, Sawaragi Shihóra és Shibe Makotóra terelődik. Nem sokkal később mind az ötüket elrabolják, és egy furcsa szobában ébrednek fel, ahol Manabe-kun, egy betiltott gyermekműsor kabalafigurája köszönti őket.

Negoro Botan nem egy átlagos középiskolás lány - már kiskora óta elit kormányügynöknek képezték ki. Emellett szakértője a "Tesla-szilánkoknak", amelyek a világon mindenütt jelen vannak, hogy természetfeletti káoszt okozzanak. Küldetése, hogy visszaszerezze ezeket a szilánkokat, és ennek érdekében összeáll az önelégült, önjelölt csúcsügynökkel, Kurumával. Ez azonban nem egy könnyű küldetés, még egy elit csapatnak sem...

Miután a szülei meghaltak, Mirai Kakehashi rokonokhoz kerül, de sajnos nem bánnak vele jól. A sok, egymás után érkező tragédiát képtelen elviselni, ezért az évnyitón leveti magát a magasból. Egy fénylő teremtény, Nasse menti meg, akiről kiderül, hogy az őrangyala, és azért létezik, hogy neki boldogságot hozzon - azzal, hogy szupererőt kap, és lehetőséget, hogy isten legyen belőle. Ehhez azonban le kell győznie a másik 12 istenjelöltet 999 napon belül.

Dr.Tenma Kenzou-nak, a Németországban élő japán agysebésznek mindene megvolt: hihetetlenül tehetséges volt a munkájában, gazdag és gyönyörű menyasszonya volt, és ígéretes karriert futott be a kórházában. Miután azonban kiábrándult a kórházi politikából, a polgármester élete helyett egy fejlövést kapott kisfiú életének megmentését választotta. Ennek következtében elvesztette a kórház igazgatójának támogatását, valamint a kórházban betöltött pozícióját és a menyasszonyát is. Röviddel később a kórházigazgatót és a helyébe lépő orvosokat meggyilkolták, és fő gyanúsítottként Tenma nem élhetett könnyű életet. Ami azt illeti, úgy tűnik, az általa megmentett fiú sokkal több volt, mint aminek látszott... Hogy tisztára mossa a nevét és kijavítsa múltbeli hibáját, Tenmának a végére kell járnia ezeknek a gyilkosságoknak, és ki kell derítenie az igazságot a Szörnyetegről, aki mindezek mögött áll.