Yodaka (Estifecske) nem túl szép madár, sőt kifejezetten csúnya, az arca foltos, a csőre pedig lapos és széles, ami nagyon hasznos, amikor bogarakra vadászik, de nem nyújt túl esztétikus látványt. Szegény Yodakát a többi madár megveti és kigúnyolja a külseje miatt, különösen a Sólyom, akit nagyon zavar, hogy hasonló nevük.

Izu tengerparti napfényes városában Iori Kitahara megkezdi első évét az Izu Egyetemen. Ahogy beköltözik nagybátyja búvárboltjába, a Grand Blue-ba, már alig várja gyönyörű lányokkal és jó barátokkal övezett egyetemista életét. Azonban a dolgok nem az elvárásai szerint alakulnak.

A test nagyjából 60 millió sejtből épül fel. Vannak fehérvérsejtek, vörösvérsejtek, vérlemezkék, hízósejtek, makrofágok, memóriasejtek, stb., és mindnek megvan a maga különleges feladata, amit nap, mint nap elvégeznek. Felveszik a harcot bármilyen külső betolakodóval szemben, legyen az akár ártalmas baktérium vagy vírus.

Férfi főszereplőnknek, a középiskolás Keita Ibuki-nak meglehetősen magányos és nehéz élete van, mivel az édesanyját már kiskorában elvesztette és egy gyerekkori jó barátja gondoskodik róla. Egy nap az egyik iskolatársa azt meséli neki, hogy találkozott a kiköpött saját másával egy koncerten. Ibuki nagyon sokat rágódik a történteken, mivel az anyja halála előtt szintén belefutottak egy ilyen hölgybe, aki megszólalásig hasonlított az édesanyjára.

1930-ban járunk a birodalmi fővárosban. Vadászok (Jaegers) érkeznek Tokióba, hogy felkutassák és levadásszák az összes vámpírt, akik Japánban kerestek menedéket. Köztük van Yuliy is, egy farkasember, akinek faluját a vámpírok mészárolták le - most jött, hogy bosszút álljon.