Váratlanul egy új, Magmel névre keresztelt kontinens jelenik meg az óceán közepén, ezzel újra elindítva a felfedezések korát. A világ minden tájáról érkeznek ide kutatók, hogy az új terület ásványait és állatvilágát tanulmányozzák, és gyakran bajba is kerülnek. Itt jön képbe a főszereplő You és csapata, akik a felfedezők kimentésére szakosodtak.

Egy nap egy egész város nyomtalanul eltűnik, és nem marad hátra más, csak egy fiatal lány, Yuki, aki a magányos csempész, Takuya segítségével elindul, hogy az apja levele alapján megkeresse az eltűnteket, miközben egy titkos szervezet vadászik rájuk.

Jin Kaitou, a másodéves középiskolás Tokióból költözik Aichibe, ahol összebarátkozik az erős nagoyai dialektussal beszélő Yatogami Monakával, majd csatlakozik a lány fotográfus klubjához, hogy jobban megismerje új környezetét.

A főszereplő valaha ígéretes baseball-tehetségnek számított, ám miután egy sérülés derékba törte a karrierjét, hazaköltözik a szülővárosába, ahol elvállalja a helyi női baseball csapat felkészítését a nemzeti bajnokságra.

Kilenc év telt el a nagy háború óta, amiben a szembenálló felek a tündérek varázserejével felvértezett, genetikailag módosított katonákat vetettek be. A túlélő veteránok azóta szétszéledtek a világban, kormányok vagy bűnszervezetek zsoldosaiként kerestek új életcélt maguknak. A főszereplő Mariya a Dorothea szervezet új alkalmazottja, amelynek feladata a tündér erőkhöz köthető bűntények felgöngyölítése.