Új megbízó érkezik Ayanokouji Rem különleges nyomozó eldugott irodájába. Betérvén meglepetésére csak egy fiatal lányt talál ott. A lány azonban közli vele, hogy ő az, akit keres. A látogató meglepődik ugyan, de azok után, amiért idejött, ez korántsem a legszokatlanabb dolog...

500 év telt el azóta, hogy a rettegett Szörnyek kiirtották az emberiség nagy részét. Csak azok maradtak meg, akiknek időben sikerült elmenekülniük az égen úszó szigetekre, de még itt is állandó félelemben élnek. Csak egy fiatal lányokból álló kis csapat, a Tündérek képesek felvenni a harcot a Szörnyekkel, a birtokukban lévő ősi fegyverek segítségével. Bár ezek a lányok így is mindennap szembenéznek a halállal, a kilátástalan életüket még jobban felborítja egy férfi megjelenése, aki 500 év után felébred a hibernációból.

A XXI. század végén a mágia már mindennapossá vált. Egy történelem órán megtudjuk, hogy mi történt a múltban, mint a globális felmelegedés és a harmadik világháború. A problémákon már csak a mágia segített, így nem csoda, hogy minden ország között versenyek folynak a legjobb mágiatechnikusokért.

A történet főszereplője Shindo Kojiro, a Japán Külügyminisztérium alkalmazottja, akinek a repülőgépe épp a Haneda reptérről szál fel, mikor egy hatalmas, idegen eredetű kocka ereszkedik le az égből, elnyelve a járatot és annak 252 utasát. A Kado nevű kocka belsejében hősünk találkozik egy földönkívülivel, Yaha-Kui Zashuninával, aki kapcsolatot kíván teremteni az emberiséggel, és Shindót választja ki közvetítőnek, miközben a kormány a saját nemzetközi tárgyalóját, Tsukai Sarakát is beküldi a Kadóba.