Edward és Alphonse Elric kiskorukban egy sikertelen transmutációkövetkeztében súlyos balesetet szenvednek el. Azért, hogy testüket visszalakítsák az eredetire, elindulnak megkeresni a Bölcsek Kövét. Céljuk elérése érdekében csatlakoznak az állami alkimistákhoz.

Történetünk egyik színhelye Valiante Királyság, ami a spanyol inkvizícióra emlékeztet. A király boszorkányvadászatot indít – tanácsadója, Mendoza hatására –, ami veszélyezteti a Makai lovagokat és a Makai alkimistákat. Egy Makai alkimistát, név szerint Annát máglyán égettek meg, miközben életet adott gyermekének, akit apja, egy Makai lovag ellop, hogy később edzhesse, hogy képes legyen megörökölni az Arany Lovag Garót.

Haru és Natsu egy emberszabású robot páros, akik teljesen emberként viselkednek, képesek sírni, nevetni és hasonlóak. Masa, a tudós talál rájuk, mivel az eredeti tulajdonosuk szívtelenül kidobta őket. Az anime során Haru arra keres választ, hogy mi is a szeretet, míg Natsu azt szeretné kideríteni, hogy ha öngyilkos lesz, vajon emberként születik-e újjá.

Egy 3 perces rövid reklámfilmet "animésítettek" meg.

Kagami Kazuya egyfolytában magánál tartja az édesanyjától kapott, cseresznyevirág mintás obit, amiből egy napon egy gyönyörű, kimonóba öltözött youkai-lány bújik elő. A tsukumogamit (öntudatra ébredt, 100 éves tárgy) Kirihának hívják, és a legnagyobb természetességgel beköltözik Kazuya szobájába.