Fronyald földjén háború dúl Biscotti és Garett országai között. Biscotti hercegnője, Millhiore végső elkeseredésében úgy dönt, hogy egy hőst idéznek meg országuk védelmére. Cinque Izumi egy rendkívüli jó a atlétikai képességekkel megáldott fiú, aki a saját világából belecsöppen ebbe a háborús helyzetbe.

Akari egy élénk, és energikus lány, aki egy jósdában dolgozik mint jövendőmondó. Mivel édesanyja meghalt, a nagynénje családjánál lakik, akiknek van egy Akarival egyidős lányuk, Fuyuna. A két lány között a kapcsolat majdnem testvérinek mondható, ám Fuyuna úgy érzi, Akari elnyomja őt, és ez az érzés szép lassan felemészti őt. Fuyuna lelkébe beleköltözik egy szörnyeteg, amely Akari halálát akarja, és megpróbálja megölni őt.

Minori egy beteges, mások által folyton csúfolt árva kislány. Egy esős napon nem jelenik meg az iskolában, mivel egy távoli város kórházába szállították be. Két hónappal később a lány két barátja, Takashi és Kyouko egy feladó nélküli, rejtélyes e-mailt kapnak, amiben a küldő egy közeli városban tartandó nyári fesztiválról mesél.

Hatate Sota úgy dönt, hogy egy teljesen új életet kezd a Hatagaya középiskolában. Azonban Sota nem az az átlagos fiú, aki csak váltani szeretne. Van egy különleges képessége, miszerint az emberek meghatározó döntéseit látja egy zászló formájában. Elhatározta, hogy segít az embereknek a helyes irányba terelődni, valamint megpróbál mindenkit távol tartani magától. Van azonban négy lány, akik minden áron közeledni próbálnak a fiú felé.

1972-ben egy idegen űrkaput fedeznek fel a Holdon, amin keresztül az emberek a Marsra tudnak eljutni. Itt pedig egy egykori idegen kultúra, az Aldnoah fennmaradt technológiájára bukkannak. A marsi telepesek ezt felhasználva egy szuperfejlett birodalmat hoznak létre Vers néven. Ez a fejlettség felsőbbrendűségi komplexushoz vezet az emberiség Földön maradt részével szemben, ami 1999-ben egy invázióban csúcsosodik ki.