Tokió városát a "Jelenségek" fenyegetik, melyeknek a megfékezésére csakis a Trinary csapat képes. Olyan lányokról szól az anime és a játék története, akik mind különleges képességekkel rendelkeznek, és hatalmas harcosokká válva, behatolva a "Jelenségek"be küzdenek meg a "Klán" tagjaival. A lányok szemtől szembe küzdenek meg egymással és ellenségeik elméjével.

A történet a XXI. század elején játszódik. A világ vezető országai egyre nagyobb lépéseket tesznek a nemzetközi integráció terén. Céljaik között szerepel a hadseregek egyesítése, amely nagy lépés volna a világbéke felé. A magánkézben lévő fegyveres erők viszont komoly fenyegetést jelentenek tervükre nézve... A Kuryu Intézet Dr. Nguyen Morgan vezetésével különös kutatásokat folytat. Az emberi agyat vizsgálva felfedezik, hogy annak van egy "árnyékos tartománya", amely eddig ismeretlen képességeket rejt. Egy Mandalának nevezett találmány segítségével fel akarják szabadítani ezeket. Azonban egy nap ismeretlen okokból valami felrobban a kutatóintézetben, és Dr. Morgan az életét veszti. Egy munkatársa, Kenneth Reed azonban folytatja az őrült kísérletezést...

Amikor a kaijuk lerohanják Ausztráliát, két testvér elindul felkutatni a szüleiket, miközben új lényekkel, kétes alakokkal és váratlan szövetségesekkel találkoznak.

A XXI-ik század végén a Földön jelentős nyersanyaghiány lépett fel és ez elég komoly válsághoz vezetett. Végül megoldás gyanánt az emberiség újra a Holdra lépett. Az égitestet kolonizálták és az ott található nyersanyagokat mind a Földre szállítják. Ez végül megoldotta a problémákat, ám az emberiség kettészakadt: a Holdon élő telepesek visszavágynak az anyabolygóra, ám ugyanakkor gyűlölik az onnan jötteket, mivel azok nyomorban tartják és végletekig kihasználják őket.

Húsz évvel történetünk kezdete előtt egy aszteroida száguldott a Föld felé, ami már a Plútót is elpusztította. Megsemmisülésének köszönhetően az aszteroida átmenetileg mozdulatlanná vált. Egy idő után az emberektől a Thanatos nevet kapta. Most, hogy az emberiség elkerülje a Földet fenyegető végítéletet, a Nemzetközi Naprendszer Fejlesztési Iroda (ISDA) a "D-Project"-en kezdett dolgozni. A project keretében kifejlesztették az úgynevezett "Dragonaut"-okat, amiket az óceán mélyén talált sárkánytojások segítségével állítottak elő. A fegyverek, vagyis a Dragonaut-ok megalkotásának elsődleges célja az volt, hogy elpusztítsák az aszteroidát, amikor az ismét mozgásba lendül. Azonban hamar rá kellett jönniük, hogy az egyetlen veszély, amely a Földet és az emberiséget fenyegeti, nem csupán az időzített bombaként rostokoló aszteroida. Egy idő után titokzatos teremtmények jelentek meg a Földön, melyek pusztításra születtek.