Képzelj el egy olyan bolygót, melyen csak férfiak élnek! A bolygó neve Terra II, de a férfiak nem nyugodtak bele, hogy társ nélkül éljék le az életüket és megalkották a Marionetteket. Akik nőnemű androidok, de ez sem volt elég, némelyiküknek még érzelmeket is adtak a Maiden Circuitok segítségével. 3 ezek közül az androidok közül viszont kikapcsolt állapotban pihen, egészen addig a pillanatig, amíg főhősünk, egy Japones-i fiú, Mamiya Otaru rájuk nem talál. Kitör a háború a bolygón, amit Lord Faust vezet Japones ellen, akinek szintén van 3 Marionettje. A nehéz feladat, hogy megállítsa, Otarura és 3 marionettjére vár.

Történetünk a 16 éves Angelese Ikaluga Misurugiról szól, aki a születésnapján egy úgynevezett "Keresztelői Ünnepély"-en vesz részt, ami után ő lesz a Misurugi Birodalom első hercegnője. De az ünnepségen kiderül hogy ő egy "Norma", ezért elfogják és egy olyan szigetre szállítják, ahol az olyan emberek vannak mint ő.

Világszerte a vezető hatalmat a robottechnológia veszi át, amit Amerika és az ENSZ nem akarnak elfogadni. Japán hevesen ellenzi a korlátozást, de az ENSZ nem változtat a döntésen. Ezért Japán úgy dönt még 2067-ben, hogy nem enged be külföldieket többé az országba – mintegy izolálja magát, ahogyan azt a cím is sejteti. Az elszigetelés olyannyira sikeres, hogy még műholdas felvételt sem tudnak készíteni róluk, hála a speciális határvédelmi rendszernek, a RACE nevezetű hálózatnak. A történet 2077-ben kezdődik egy megbeszélésen, ahol a világ legtöbb nagyhatalmának képviselője és a Japán Daiwa cég vezetője is részt vesz. A helyszínre érkezik az amerikai különleges kommandó és már az elején is akciódús, komoly küzdelembe bonyolódnak, amikor is az ellenséges robotsereg rajtuk üt.

A történet a nem túl távoli jövőben játszódik, amikor is a háborúktól és elfuserált kísérletektől a föld nagy része víz alá süllyedt és csak néhány nagyobb város emelkedik a habok fölé. A vízi és légi közlekedés teljességgel lehetetlenné vált a globális nanotechnikai próbálkozásoknak hála, így a városok közti kapcsolat csak több kilométer hosszúságú utakkal-hidakkal megoldott. A sztori is egy ilyen város – Fort Diversity – területén bontakozik ki. Az ott lakók biztonságára multinacionális cégek, PMC-k vigyáznak hi-tech Maneuver-Bladeknek nevezett mechekkel. Ezek a gépek az útba épített rendszerből nyerik az energiát, és külsőre egy motorra hasonlítanak, de harci helyzetben – humanoid alakú – Maneuver-Roidként küzdenek meg az ellenséggel.