Több évtized eltelt már a háború óta, de az országban még mindig nem teljes a béke. A robotok újra támadni kezdenek. Ikuru egyike azon lányoknak, akiket megkérnek, hogy robotruhába öltözve menjen harcolni. A mindent eldöntő harc kezdetét veszi a két robotcsapat, és az egyiküknek segítő robottá felszerelt emberek között.

Tokió városát a "Jelenségek" fenyegetik, melyeknek a megfékezésére csakis a Trinary csapat képes. Olyan lányokról szól az anime és a játék története, akik mind különleges képességekkel rendelkeznek, és hatalmas harcosokká válva, behatolva a "Jelenségek"be küzdenek meg a "Klán" tagjaival. A lányok szemtől szembe küzdenek meg egymással és ellenségeik elméjével.

A történet a XXI. század elején játszódik. A világ vezető országai egyre nagyobb lépéseket tesznek a nemzetközi integráció terén. Céljaik között szerepel a hadseregek egyesítése, amely nagy lépés volna a világbéke felé. A magánkézben lévő fegyveres erők viszont komoly fenyegetést jelentenek tervükre nézve... A Kuryu Intézet Dr. Nguyen Morgan vezetésével különös kutatásokat folytat. Az emberi agyat vizsgálva felfedezik, hogy annak van egy "árnyékos tartománya", amely eddig ismeretlen képességeket rejt. Egy Mandalának nevezett találmány segítségével fel akarják szabadítani ezeket. Azonban egy nap ismeretlen okokból valami felrobban a kutatóintézetben, és Dr. Morgan az életét veszti. Egy munkatársa, Kenneth Reed azonban folytatja az őrült kísérletezést...

Amikor a kaijuk lerohanják Ausztráliát, két testvér elindul felkutatni a szüleiket, miközben új lényekkel, kétes alakokkal és váratlan szövetségesekkel találkoznak.

A XXI-ik század végén a Földön jelentős nyersanyaghiány lépett fel és ez elég komoly válsághoz vezetett. Végül megoldás gyanánt az emberiség újra a Holdra lépett. Az égitestet kolonizálták és az ott található nyersanyagokat mind a Földre szállítják. Ez végül megoldotta a problémákat, ám az emberiség kettészakadt: a Holdon élő telepesek visszavágynak az anyabolygóra, ám ugyanakkor gyűlölik az onnan jötteket, mivel azok nyomorban tartják és végletekig kihasználják őket.