Inaba Naoya, aki külföldön nőtt fel, csodálja Yankees-t, mert sok képregényt olvasott. Egy nap végül megérkezik Japánba, hogy egy évig középiskolába járjon. Kiválaszt egy lerobbant iskolát, amely tele van bűnöző (yankee-szerű) diákokkal. Hamarosan rájön, hogy mindketten problematikus fiatalok voltak, semmi több. Ezután úgy dönt, hogy újjáépíti a vízilabdaklubot - a kedvelt sportját -, hogy végre legyen egy célja, amelyre összpontosítsanak.

Yoshikawa Nao-t a szülei hátrahagyják, miután elhagyják a várost, hogy átvegyék a farmot, ami Nao nagyapjának az öröksége. Ezért ő beköltözik egy apartmanba. Azonban hamar rá kell ébrednie, hogy nem egyedül fog élni, ugyanis Uehara Hisashi, a totál menő és népszerű srác az iskolából, ugyancsak azt lakást bérli. Nem csak, hogy lakásügynökségük hirtelen bezárt, de még a tulajdonos is közli velük, hogy többet kell fizetniük az apartmanért, mint amire számítottak. Így végül, Nao és Hisashi úgy döntenek, hogy lakótársak lesznek.

A 17 éves, második osztályos Satoshi a szüleitől külön él egy kis lakásban Fujisawa város tengerpartján. Egy hotel fürdőházban dolgozik a Fujisawához tartozó Enoshima szigetén és szenvedélye a szörfözés. A vele egykorú Shun tavaszi szünetben látogatja meg Fujisawát, így találkozik a két fiú. Először barátok lesznek, aztán többek. Bonyolítja a helyzetet, hogy a szörfüzlet tulajdonosának lánya, Chika titokban szerelmes Shunba.

2199-ben, öt évvel a Gamiloniaiak támadása után a megmaradt emberiség a föld alá kényszerült, hogy biztonságban legyenek a sugárzott földtől. Egy nap, az egykori pilóta, Susumu Kodai felfedez egy kapszulát, ami az Iscandar bolygóról származik, és ami megmutatja, hogy lehet eltávolítani a sugárzást a Föld felszínéről. Az Earth Defense Force újraépíti a csatahajóját, majd elindulnak az Iscandar bolyóra, reménykedve abban, hogy megmenthetik a Földet, vagy egy éven belül kihal ez emberiség.

2012-ben a fiatal bűnöző Atsuya valamint két barátja rájönnek, hogy eddigi búvóhelyük, egy egy kisebb bolt, ami egy idős ember tulajdonában állt. Éjfélkor Atsuya érdekes felfedezést tesz. A postaládában megjelenik ugyanis egy levél, amit 32 évvel ezelőtt írt az illető és a bolt segítségét kéri. Atsuya nem gondolkodva a bolt tulajdonos nevében válaszol, ezt pedig több más levél is követi.