Az anime a távoli jövőben játszódik le egy párhuzamos dimenzióban, amelyet Kozmikus Bárkának hívnak. A régóta szunnyadó, óriási robotok versenye Arks néven fut, amelyek hirtelen arra ébredtek, hogy galaxisukat a gonosz káosz uralja.

A rendetlen és végtelenül naiv Gae-In-t igazán nem sok választja el egy szívrohamtól, lévén, hogy a pasija, Chang Ryul nem csak hogy lelépett a pénzével, de a lakótársát is viszi magával, akit másnap vesz el az oltár előtt. A tisztaságmániás Jin-Ho tervező számára sem könnyű az élet: hagyján, hogy szépen felépített karrierjét a csőd széle fenyegeti, de ellenségeknek sincs híján, akik között ott van Chang Ryul is. Hogy megússza a bezárást, egy nagy ötlettel kéne előrukkolnia - mondjuk egy 30 éve titkolt ház tervével, amiben történetesen Gae-In lakik. Viszont a lány érthető okokból eléggé bizalmatlan a férfiakkal, így a srác kénytelen fenntartani a félreértést, hogy meleg.

A Fujimi Gimnázium tanulói még biztos nem találkoztak zombikkal, mert nagy riadalmat keltett a diákok és tanárok közt a felbukkanásuk. De mi már tudjuk azt, amit még a tanulók nem, hogy ez egy önszerveződő társulás, ahol a tagokat erőszakos toborzás útján szerzik. Itt egy kis hami, ott egy kis nyami, s már is beállt a nyálcsorgatók közé az áldozat, ahol a gyorsétterem, egy emberekkel jól teletömött helyiséget jelent, és nem a hamburger árust, ahol extra burgert kapsz dupla sajttal, hozzá pedig sült krumplit.

Élet a halál után. Meglehetősen sok mű foglalkozik vele, de a Colorful ezek között is egy elfeledett gyöngyszem. Meghaltál. Már nincs visszaút, a bűneid halálod után is kísértenek. Vagy mégse? Te vagy a szerencsés kiválasztott, te visszamész az életbe és elölről kezdhetsz mindent. Nem, ez nem lehetőség, ez parancs.

2199-ben, öt évvel a Gamiloniaiak támadása után a megmaradt emberiség a föld alá kényszerült, hogy biztonságban legyenek a sugárzott földtől. Egy nap, az egykori pilóta, Susumu Kodai felfedez egy kapszulát, ami az Iscandar bolygóról származik, és ami megmutatja, hogy lehet eltávolítani a sugárzást a Föld felszínéről. Az Earth Defense Force újraépíti a csatahajóját, majd elindulnak az Iscandar bolyóra, reménykedve abban, hogy megmenthetik a Földet, vagy egy éven belül kihal ez emberiség.