A San Magnolia Köztársaság már évek óta háborúban áll a szomszédos, pilóta nélküli drónokat bevető Giadia Birodalommal. Számos vereséget követően a Köztársaságnak sikerül kifejlesztenie a saját drónhadseregét, amely hivatalosan szintén nem igényel emberi beavatkozást. A valóságban azonban a leírt 86-os körzet, embernek nem minősített katonái halnak meg a csatatéren, ezeket a gyilkoló gépeket irányítva, hogy a Köztársaság teljes értékű polgárainak ne kelljen áldozatokat hozniuk. A történet kezdetén az osztag egy új, polgári irányítót kap az ifjú Vladilena Milize őrnagy személyében, aki megpróbál emberségesen bánni a beosztottjaival.

Több évtized eltelt már a háború óta, de az országban még mindig nem teljes a béke. A robotok újra támadni kezdenek. Ikuru egyike azon lányoknak, akiket megkérnek, hogy robotruhába öltözve menjen harcolni. A mindent eldöntő harc kezdetét veszi a két robotcsapat, és az egyiküknek segítő robottá felszerelt emberek között.

A NiaLand egy mesterséges intelligencia témájú vidámpark. Itt lép mindennap színpadra a világ első, önálló mesterséges intelligenciával rendelkező humanoidja, Vivy, aki bár nem túl népszerű, mégis minden vágya, hogy az éneke egyszer megérintse az embereket és boldoggá tegye őket. Egy nap megjelenik előtte Matsumoto, egy, a távoli jövőből érkezett MI, akinek az a küldetése, hogy megakadályozza az elkerülhetetlen háborút az emberek és az MI-k között, és ehhez Vivy segítségére lesz szüksége.

Tokió városát a "Jelenségek" fenyegetik, melyeknek a megfékezésére csakis a Trinary csapat képes. Olyan lányokról szól az anime és a játék története, akik mind különleges képességekkel rendelkeznek, és hatalmas harcosokká válva, behatolva a "Jelenségek"be küzdenek meg a "Klán" tagjaival. A lányok szemtől szembe küzdenek meg egymással és ellenségeik elméjével.

A Taisho-korban néhány ember megfertőződött egy vírussal, melynek köszönhetően a vámpírok erejével bírnak. A kormány őket akarja felhasználni arra, hogy szuperkatonákat hozzon létre.