1972-ben egy idegen űrkaput fedeznek fel a Holdon, amin keresztül az emberek a Marsra tudnak eljutni. Itt pedig egy egykori idegen kultúra, az Aldnoah fennmaradt technológiájára bukkannak. A marsi telepesek ezt felhasználva egy szuperfejlett birodalmat hoznak létre Vers néven. Ez a fejlettség felsőbbrendűségi komplexushoz vezet az emberiség Földön maradt részével szemben, ami 1999-ben egy invázióban csúcsosodik ki.

Rico, a kis árva lány arról álmodik, hogy egyszer az édesanyjához hasonlóan barlangász lesz belőle, és felfedezi azt a feneketlen mélységet, ami a szülővárosa mellett található. Egy nap, az egyik felfedező útja során egy emberformájú robotfiúra bukkan.

Egyik reggel a középiskolás Ao egy rejtélyes csomagot talál az ajtaja előtt, benne egy új fejlesztésű Frame Arms Girl akciófigurával, Gouraijal. Aktiválását követően a saját személyiséggel rendelkező robotlány elkezd adatokat gyűjteni a világról és gazdája mindennapi életének a részévé válik.

Yuuta Iridatsu egy átlagos fiú volt addig a pillanatig, míg meg nem halt. Ám tragikus sorsa inkább áldásnak számít, mint rossz ómennek. Halála után szellemmé válik, és bármikor láthatatlanul lehúzhatja a lányok bugyiját, felbillentheti a szoknyájukat, vagy bármi más csíntevékenység el tud követni. Mégis van egy nagy hátulütője, ami miatt patt helyzetbe kerül. Akárhányszor csak felizgul, egy aszteroida találja el a Földet.

Ebben az alternatív univerzumban Britannia nem vesztette el a gyarmatbirodalmait, hanem a Föld egyetlen szuperhatalma lett. Az ezredforduló után diplomáciai válság robbant ki az Új Brit Birodalom, és több semleges sziget között a Távol-Keleten, amely gyorsan eszkalálódott. Nem sokkal később, 2010. augusztus 10-én pedig a Brit Birodalom hadat üzen Japánnak.