Kusanagi Kei látszólag átlagos, 15 éves gimnazista. Igazi korát csak komolysága mutatja. Egyik este a városa tavának partjáról bámulja a csillagokat, mikor egy UFO száll le a tóra, és Kei szembetalálja magát annak utasával. Elmenekül előle és másnap már abban sem biztos, hogy látta-e egyáltalán. Mikor új tanárt, pontosabban tanárnőt kap az osztály Kazami Mizuho személyében.

A történet színhelye a távoli Gift bolygó, amelynek felszíne alatt nagy mennyiségben található az értékes Giftjium ásvány. Itt, az Indigó Kert nevű bányászvárosban él Amagi Sogo, akinek a hobbija a ritka és különleges kristályok gyűjtése. Egy nap, mikor hősünk belekeveredik az iskolatársai által okozott rendbontásba és eltéved a barlangrendszerben, a régi bányászromok alatt egy földalatti tóra bukkan, ahol összeismerkedik Feliával, egy rejtélyes, kék hajú és vörös szemű lánnyal.

A világ röpke egy év alatt nagyon megváltozott, miután a DearS-ek földet "értek". Maguk a DearS-ek egy galaktikus faj, rendkívüli intelligenciával és egy csodás képességgel, amivel mindent gyorsan meg tudnak tanulni, főképp a nyelveket. A DearS-ek között létezik egy valaki, aki mint DearS nem állja meg a helyét. A szériaszáma 000, DearS nyelven Ren Ren Ren. Ő is a Földre érkezik, majd végül rátalál főhősünkre, Takeya-ra.

Történetünk egy teljesen átlagos iskolai nappal indul. Hamar megismerkedhetünk a főszereplővel, Igarashi Ganta-val, aki épp az osztálykirándulásuk helyszínéről néz egy ismertető jellegű videót. Ugyanis ezúttal az osztály úticélul a Deadman Wonderlandot tűzte ki magának. De mi is pontosan ez a hely? Tíz évvel ezelőtt Tokiót egy földrengés romba döntötte, melynek túlélői között ott van Ganta is, aki minden emlékét elvesztette a katasztrófa előttről.

Főszereplőnk a középiskola előtt egy balesetben elvesztette az emlékeités a szüleit. Mikor magához tért a vidám Ginko és egy macskaszerű lény, Sensei vette magához. Egy átlagos nap üzenet érkezik az Állampolgári Biztonsági Központtól: egy ismeretlen repülő tárgy megjelent a Csendes-óceán, és közeledeik Soramisaka városa felé.