A Captain Earthben egy tragikus múltú tini fiú történetét követik nyomon. Ő a pályaválasztás előtt álló Manatsu Daichi, aki nem találja a helyét iskola társai között, nincs elképzelése a jövőjéről és nincsenek céljai. Ez a kiábrándult állapot egészen addig tart, amíg egy furcsa jelenségre nem lesz figyelmes a televízióban. Tanegashima szigete felett furcsa ellipszis alakú alakzatok jelentek meg, amik felidézik benne gyerekkori emlékeit egy kutatóbázison/űrállomáson élt kisfiúról és kislányról.