Ponyo egy icike-picike halacska, de annál nagyobb kalamajkát tud csinálni! Apukája vigyáz rá és kis testvérkéire, de Ponyo annál inkább fel akarja fedezni a nyílt tengert, sőt az egész világot, minél jobban óvnák őt. Egy nap kiszabadul buborékszobájából és egy palackba szorul. Egy szintén roppant kíváncsi kisfiú, Sousuke menti meg, aki egy kis vödörben tartja őt, eldugva mindenki elöl, annyira félti. Ponyo hamar megkedveli a fiút, és szeretne minél több időt vele tölteni.