A történet valamikor a távoli jövőben játszódik, amikor a bolygóközi utazás - és ezzel együtt az intergalaktikus bűnözés - a mindennapok részévé vált. Hőseink: Spike Spiegel és Jet Black, a két teljesen eltérő jellemű, de egyformán rejtélyes múltú férfi, akik fejvadászként száguldoznak a világűrben hajójukkal, a Cowboy Bebop-pal, és kézre kerítenek minden bűnözőt, aki csak fellelhető a naprendszerben, és persze akiért eleget fizet a rendőrség.