Aoi egy tündéri, bájos lány, akinek gyakran kell szembenéznie a mindennapjaiban fellépő szorongásokkal. Aoi ugyanis zárkózott természetű diák, akinek nehezére esik barátkozni, segítséget kérni, ha elakad vásárlás közben, vagy épp kibújni a burkából és nekivágni a környezet még ismeretlen zegzugainak. A legfőbb félelme azonban a magasságtól való viszolygásból fakad, azaz az akrofóbiájából.

Nanachi Takeo nagyapjától egy értékes kardot örökölt. Elutazik Izumo tartományába, hogy ott egy szentélynél megtisztíttassa. Vele tartanak barátai: az örökké vígkedélyű Ema-senpai, aki vigyáz rá, és egy színházcsoport két tagja, Kitano-senpai és Chika-chan, akiknek érdeklődését felkelti a hat ellopott szent kard és a nyolc lázadó felhő története.

Hikigaya egy magányos diák, de ezt tanárnője nem fogadja el, ezért elviszi egy klubba, ahol reméli, majd tanul valamit a fiú. Ez a klub az önkéntes klub, ahol Yukino, a szintén magányos lány fogadja. Ezután a klubba kerül még Yui is, és elkezdődik a klubtevékenység, és megtapasztalhatjuk, milyen segíteni, és hogy milyen más is egy magányos ember élete.

A történet szereplői Haruhi Suzumiya, Kyon, Yuki Nagato és Mikuru Asahina. Az egészet Kyon szemszögéből figyelhetjük végig, lényegében ő meséli el a cselekményt. Főszereplőnk mégiscsak Suzumiya, egy nagyon aktív és furcsa lány. Az első napján az iskolában azzal mutatkozik be, hogy nem érdeklik őt az egyszerű emberek, viszont hogyha akad valaki, aki netán esper, varázsló, földönkívüli vagy egyéb fantasztikus lény lenne, akkor azzal szívesen beszélgetne.

Sok minden történik az emberrel, mielőtt megtalálja igaz szerelmét, netán még össze is házasodik vele. A frissen egybekelt Yura és Makoto számára inkább az az érdekes, hogy mi NEM történt meg. Mert hogy ez okoz némi bonyodalmat, és már rögtön közös életük elején némileg próbára teszi mindkettőjüket együtt, és külön-külön is.