1838, London: William Jounes egy nap úgy dönt, hogy meglátogatja régi tanítóját, Madame Kelly Stowner-t, azonban félve indul neki a szigorú tanítónőjével való találkozásnak. A ház bejárata előtt tétovázik, amikor is az ajtó kicsapódva fejbe kólintja. Ekkor pillantják meg egymást először Emmával. A cselédlány finom szépsége és elmés társasága rögtön elbűvöli a félénk, és szerencsétlen Williamet.

Hirono Hiro egy szegény családból származó középiskolás fiú, aki shoujo mangákat rajzol a megélhetéséért. Mellesleg mangaka szeretne lenni, amire elég sok esélye is lenne, azonban az iskolát túlzottan hanyagolja. Ám egy karácsonyi éjszakán egy motoros rablás kapcsán megismerkedik egy különös lánnyal. Ő nem más, mint Miyamura Miyako, aki a rablás során elvesztette a táskáját a benne lévő kulcsaival együtt, ezért megkéri Hiro-t, hogy fogadja be őt erre az éjszakára. 

Főszereplőnket Noya Itsuki-t áthelyezik az Ebisugawa középiskolába. A lány rajong a csillagászatért és az űr végtelenségéért, ezért megérkezésekor nyomban csatlakozik az iskola asztronómia klubjához.

Japán fővárosában, Tokióban, 1988-ban felrobban egy újfajta fegyver hatalmas krátert hagyva maga után. Katsuhiro már a történet elején megidézi a japán társadalom egyik legnagyobb kulturális traumájának is tekinthető eseményt, a II. világháború lezárásául szolgáló atomtámadást. Az Akira ezen felütése igen erőteljes, főleg, mert a történet szerint ez a „baleset” idézi elő a III. nagy világégést.