Történetünk úgy kezdődik, hogy Kotoko Aihara összeszedi minden bátorságát, hogy egy szerelmes levelet odaadjon Naoki Irie-nek. Viszont a fiú mindenki előtt visszautasítja. Ez után a megalázó pillanat után Kotoko úgy dönt, hogy feladja a Naoki iránti szerelmét. Azonban egy bizonyos napon az újonnan megépített otthonuk egy enyhe földrengés miatt összedől, ezért az apjával az egykori középsulis barátjukhoz költöznek, akit meglepő módon Shigeki Irie-nek hívnak, és hát Naoki apja. Innentől fogva Kotoko érzelmei újra fellángolnak, hiszen ahogy jobban sikerül megismernie Naoki-t, érzelmei iránta egyre erősebbé válnak.

Történetünk egy alternatív világban játszódik, ami kb. a `70-`80-as éveknek felelne meg. És mit ad isten, megint egy háborúval megtűzdelt világ... Ebben a világban egy Sentan nevű szigeten indul minden. A sziget semleges területen fekszik a két ellenséges vonal között, háborúmentes övezetben. Egy ideje nincs komolyabb összecsapás a két ellenség között, de ami késik nem múlik. A Déli Kormány úgymond a gonosz, míg a Keleti Kormány a jó a történet szerint. Az események előhaladtával azonban ez eléggé megkérdőjelezhetővé válik.

Történetünk két fiútestvérről szól. Az idősebb Noboru, a fiatalabb Toru, mindketten apjukkal élnek, mivel anyjuk meghalt. A nyári szünet alatt meglátogatják nagymamájukat és nagybátyjukat anyjuk szülőfalujában, ahol megtudják, hogy anyjuk az utolsó Vízpapnő volt.

A történet egy kitalált Németországban játszódik, melynek középpontjában a „Demoniacsok" állnak. Bio-mechanikus lények, melyek holtestekből állnak és öntudatlan állapotban emberekre támadnak. Ez idő alatt több ember is átalakul Demoniacsá. Van ki közülük jóra, és van, ki rosszra használja az erejét. De csak egyetlen lehet, ki minden Demoniacs felett áll, és ő nem más, mint a "Blassreiter".

Ponyo egy icike-picike halacska, de annál nagyobb kalamajkát tud csinálni! Apukája vigyáz rá és kis testvérkéire, de Ponyo annál inkább fel akarja fedezni a nyílt tengert, sőt az egész világot, minél jobban óvnák őt. Egy nap kiszabadul buborékszobájából és egy palackba szorul. Egy szintén roppant kíváncsi kisfiú, Sousuke menti meg, aki egy kis vödörben tartja őt, eldugva mindenki elöl, annyira félti. Ponyo hamar megkedveli a fiút, és szeretne minél több időt vele tölteni.