A Captain Earthben egy tragikus múltú tini fiú történetét követik nyomon. Ő a pályaválasztás előtt álló Manatsu Daichi, aki nem találja a helyét iskola társai között, nincs elképzelése a jövőjéről és nincsenek céljai. Ez a kiábrándult állapot egészen addig tart, amíg egy furcsa jelenségre nem lesz figyelmes a televízióban. Tanegashima szigete felett furcsa ellipszis alakú alakzatok jelentek meg, amik felidézik benne gyerekkori emlékeit egy kutatóbázison/űrállomáson élt kisfiúról és kislányról.

A középiskolás Asau Daisuke tehetséges festő, de éppen alkotói válságban van. A gyermekkori barátnője, Tachibana Amane meggyőzi, hogy fesse meg a diáktársuk, Kimikage Yurina portréját, aki hamarosan életmentő szívműtéten fog átesni. A portré festése közben Daisuke ráeszmél, milyen fontos számára Amane.

Egy 5 tagú banda éppen megfogyatkozott egy taggal, ráadásképp nem is nyugodt körülmények között.

A történet egy kontinensnyi szigeten, a Cruzon-on játszódik, egy olyan világban, ahol az emberek képesek kedvük szerint irányítani a kvarc kristályokat. Tulajdonképpen a kristálymanipuláció egy fajtája ez, és akik ennek a képességnek a birtokában vannak, azok Sorcerer-nek (varázsló) nevezik magukat. Szinte mindenki rendelkezik ezzel a képességgel, ezt használják a teafőző üzemeltetésétől kezdve egészen a nagy járművek mozgatásáig. A legerősebbek vagy legtehetségesebbek irányíthatják a hadsereg hatalmas harci gépeit, a Gólemeket.

Történetünk egy alternatív világban játszódik, ami kb. a `70-`80-as éveknek felelne meg. És mit ad isten, megint egy háborúval megtűzdelt világ... Ebben a világban egy Sentan nevű szigeten indul minden. A sziget semleges területen fekszik a két ellenséges vonal között, háborúmentes övezetben. Egy ideje nincs komolyabb összecsapás a két ellenség között, de ami késik nem múlik. A Déli Kormány úgymond a gonosz, míg a Keleti Kormány a jó a történet szerint. Az események előhaladtával azonban ez eléggé megkérdőjelezhetővé válik.