Megszokutt világunkban egyszer csak megjelennek a Dragon névre keresztelt, természetfeletti erővel rendelkező óriásszörnyek, majd nem sokkal később olyan kislányok kezdenek el születni, akik szintén rendelkeznek ezzel a mágikus D-erővel, így eredményesen képesek harcolni a szörnyek ellen. Mononobe Yuu az egyetlen fiú, aki szintén birtokában van ennek az erőnek, így őt is Midgarba, a kiváltságos lányok számára fenntartott iskolába küldik, ahol viszontlátja elveszettnek hitt húgát, Mitsukit, megismerkedik a kissé szétszórt Irisszel, valamint sok más lánnyal is.

A Harmónia egy utópisztikus világban játszódik, ahol orvosi nanotechnológiával minden emberbe beleültetnek egy úgynevezett WhatchMe-t. Ez addig a korig, míg az ember felnőttnek nem számít, nem lép működésbe. Ám amint betöltik a kellő kort, automatikusan működésbe lép. A WhatchMe-t az önkormányzatok irányítják, ezáltal elveszik az emberektől a halál, de még az elhízás jogát is. Arra "ösztönzik" őket, hogy "jók" legyenek.

John Watson ellopva barátja holttestét illegálisan feltámasztotta őt. Történetünk ott kezdődik el igazán, mikor John lebukik és ezt kihasználva egy M nevű férfi beszervezi és elküldi Brit Indiába, ahol a polgárháborús technológiát kell tanulmányozza, de valóban csak ennyi volna a feladata? A valódi küldetése, amire szíve is vágyik, az Frankestein rég elveszett jegyzeteinek felkutatása, és az Első feltámasztása.

Takeya Yuki imádja az iskolát. Számára az a világ legcsodálatosabb helye, ahol együtt lehet a barátaival és az Iskolai Élet Klub keretein belül mindennap érdekes és izgalmas tevékenységek várnak rájuk. A tökéletes iskolai idill azonban csak Yuki elméjében létezik, mert a valóság túl kegyetlen ahhoz, hogy azt a lány felfogja.